Možnost řešení sporu soudní cestou je zpravidla pro pacienta volbou v případě, kdy nebylo dosaženo dohody v rámci mimosoudního narovnání, a to např. proto, že se pacient s poskytovatelem zdravotní péče nedohodl na výši náhrady škody, kterou požaduje. V případě, že se pacient rozhodne obrátit se na soud s občanskoprávní žalobou (zákon č. 99/1963 Sb., občanský soudní řád), může tak učinit dvěma způsoby, a to buď prostřednictvím žaloby o náhradu škody (§ 415 a násl. Zákona č. 40/1964 Sb., občanský zákoník), nebo žaloby na ochranu osobnosti (§ 11 a násl. občanského zákoníku). Výše uvedené dva druhy žalob mohou být podány i současně. Každá z nich však nejen sleduje jiný účel, ale rozdíly lze spatřit i v příslušnosti soudů, ve lhůtě určené pro podání žaloby, nákladech řízení, možnostech satisfakce, atd. Žalobu na náhradu škody je totiž možné podat v případě, kdy lékař svým zaviněním způsobil pacientovi nějakou škodu na zdraví; naproti tomu žaloba na ochranu osobnosti se podává v případě neoprávněného zásahu do práva na ochranu osobnosti (tj. zásah do jeho občanské cti a lidské důstojnosti, soukromí, rodinného života aj.). Při podání žaloby je zároveň nutno počítat se soudním poplatkem (zákon č. 549/1991 Sb., o soudních poplatcích), případně s dalšími výlohami (př. odměna právního zástupce, vyhotovení znaleckého posudku), stejně jako s poměrně velkou časovou náročností celého řízení a s nutností nést břemeno při dokazování svých tvrzení. Frekventovaněji podávaným typem žalob je zcela jistě žaloba o náhradu škody způsobené pochybením konkrétního zdravotníka. Tu je nutno podat do dvou let ode dne, kdy se poškozený dozví o škodě a o tom, kdo za ni odpovídá, jinak dojde k promlčení práva na náhradu škody (a právo pak nelze u soudu úspěšně vymáhat, pokud žalovaná strana uplatní námitku promlčení). Platí však, že i po uplynutí této lhůty může poskytovatel zdravotní péče poškozenému náhradu škody dobrovolně vyplatit.
U soudu se náhrada škody stanovuje v souladu s ustanoveními občanského zákoníku a vyhlášky Ministerstva zdravotnictví č. 440/2001 Sb., o odškodnění bolesti a ztížení společenského uplatnění. Hradí se skutečná škoda, tj. náklady spojené s léčením, dále ušlý zisk (ztráta na výdělku) a náhrada za bolest a za ztížení společenského uplatnění (jako jednorázová částka, jejíž výše je určena v souladu s Vyhláškou. V odůvodněných případech může být částka této náhrady zvýšena tak, aby odpovídala skutečné újmě). Občanský zákoník dále stanoví, že za škodu usmrcením náleží pozůstalým jednorázové odškodnění v určité výši, a to 240 000 Kč manželovi nebo manželce, každému dítěti, každému rodiči a každé další blízké osobě žijící ve společné domácnosti s usmrceným v době vzniku události, která byla příčinou škody na zdraví s následkem jeho smrti, a dále 85 000 Kč každému rodiči při ztrátě dosud nenarozeného počatého dítěte, a 175 000 Kč každému sourozenci zesnulého. A dále se při usmrcení hradí náklady na výživu pozůstalým a též přiměřené náklady spojené s pohřbem, pokud nebyly uhrazeny pohřebným poskytnutým podle zákona o státní sociální podpoře.
Rozsah této jednorázové náhrady je tedy v zákoně stanoven absolutními peněžními částkami, v čemž lze spatřovat poněkud neobvyklé řešení v rámci soukromého práva. Vedle uvedeného práva na jednorázové peněžní vyrovnání může pozůstalý u soudu uplatnit ještě i právo z titulu ochrany osobnosti (§ 11 a násl. občanského zákoníku), kde již výše náhrady této nemajetkové újmy není žádným způsobem limitována. Může ovšem nastat i situace, kdy pochybení konkrétního zdravotníka/-ků lze považovat za natolik závažné, že by se mohlo jednat o trestný čin (v úvahu přicházejí zejména trestné činy proti životu a zdraví uvedené v Hlavě I. Zvláštní části zákona č. 40/2009 Sb., trestní zákoník, zejména trestný čin ublížení na zdraví z nedbalosti dle § 148, těžké ublížení na zdraví z nedbalosti dle § 147, usmrcení z nedbalosti dle § 143, aj.). Pak by bylo možné podat trestní oznámení, a to na kterémkoli oddělení Policie ČR či státním zastupitelství. Trestní oznámení lze podat ústně či písemně (dopisem, faxem, elektronickou poštou) a může jej podat kdokoliv, nikoliv pouze poškozený. Podání trestního oznámení není zpoplatněno žádným správním ani jiným poplatkem. Využití tohoto prostředku se ale doporučuje řádně zvážit, jelikož se jedná o krajní prostředek řešení, který by se měl využívat jen v případech skutečně závažných pochybení.